Още след смъртта на Анри II трите групировки се сблъскват за влияние върху малкия Франсоа II. През 1560 г. е разкрит заговор на хугенотите за отвличане на краля, който предизвиква брутални репресии от страна на Гизите. Едва след смъртта на Франсоа, когато Катерина Медичи става регент, настъпва помиряване. Шарл дьо Гиз, Ан дьо Монморанси и Антоан дьо Бурбон са повикани в Париж, за да се разберат помежду си. Провалът на този опит води пряко към първата религиозна война (1562 – 1563), в която проличават някои специфики на конфликта изобщо: военно надмощие на католиците (победата на Гиз при Дрьо), намеса на външни сили (Англия в подкрепа на хугенотите, Испания – на католиците), колебливо отношение на двора. Като водачи на хугенотите се оформят Гаспар дьо Колини и херцог дьо Конде. И през втората война (1567 – 1568) католиците побеждават, а третата (1568 – 1570) е най-кървава от всички. Тогава е и голямата победа на католиците при Жарнак и смъртта на Конде, но Колини успява да спаси каузата на хугенотите, като се укрепва на юг. Мирният договор позволява на протестантите да задържат 4 крепости, между които и по-късната им столица Ла Рошел. Изглежда, че с това враждебността е намаляла и през 1572 г. представители на двете страни се събират в Париж, за да честват брака между Анри, син на Антоан дьо Бурбон и Маргьорит, сестра на краля. На 24 август, деня на Св. Вартоломей, католиците изненадващо нападат протестантите и избиват около 3000 от тях, включително Колини. Така през тази Вартоломеева нощ силата на протестантите е сломена, а Анри, който сега остава техен водач, оцелява само защото приема католическата вяра.
Четвъртата война (1572 – 1573) започва с въстание на хугенотите на юг и се изчерпва с неуспешния опит на католиците да превземат Ла Рошел. През 1574 г. Шарл IX умира и се възцарява Анри III, а в същото време Монтоморанси се опитват да изградят държава в държавата в Лангедок. Това довежда до петата война (1575 – 1576), в която кралят се вижда притиснат между враждуващите групировки и от външната намеса (германско нахлуване от изток). Макар и католик, той балансира между страните, за да запази властта си. През 1576 г. Гиз създават Католическата лига – силна организация, която не се колебае дори да поиска трона за Анри дьо Гиз. Анри III е принуден да даде още права на хугенотите и да забрани Лигата. В шестата (1577) и седмата война (1579 – 1580) католиците достигат върха на своето могъщество, принуждават краля да позволи Лигата и го превръщат в своя марионетка. Едва във „войната на тримата Анри“ (1585 – 1589) се стига до развръзка, тъй като сега Анри дьо Бурбон, крал на Навара, става престолонаследник. Гиз отказват да приемат този хугенот и предлагат на Испания сътрудничество, за да свалят краля. Те обещават да изчистят ереста, за да получат помощ. Войната се води с променлив успех, а Гиз напълно пренебрегват краля и вземат положението в своите ръце. Позволяват на испанците да окупират Париж, но през 1588 г. успешен заговор, поръчан от краля, води до смъртта на Анри дьо Гиз. На следващата година Анри III също е убит и Анри дьо Бурбон става крал (като Анри IV). Католиците го отхвърлят и се приготвят за съпротива.